২০০৯ সালের ২৫ ও ২৬ ফেব্রুয়ারির পিলখানা হত্যাকাণ্ড নিয়ে প্রায় ১১ মাস তদন্ত শেষে জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশন তাদের প্রতিবেদন সরকারকে জমা দিয়েছে। কমিশনের প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, ঘটনাটিতে ভারতীয় কমান্ডো এনএসজি সদস্যসহ ২৪ জন ভারতীয় নাগরিক সরাসরি যুক্ত ছিলেন বলে সাক্ষ্য ও বিভিন্ন তথ্যে উঠে এসেছে।
তদন্ত প্রতিবেদনে উল্লেখ করা হয়, হত্যাকাণ্ডের আগে ভারতীয় প্রতিনিধিদের সঙ্গে বৈঠকের পর পরিকল্পনা চূড়ান্ত করা হয়। কমিশনের দাবি, এসব সমন্বয়ের জন্য ব্যারিস্টার শেখ ফজলে নূর তাপসের অফিস ও বাসায় একাধিক বৈঠক অনুষ্ঠিত হয়। ওই বৈঠকগুলোতেই হত্যার পরিকল্পনা চূড়ান্ত হয় বলে প্রতিবেদনে উল্লেখ রয়েছে। তদন্তের আগে গণমাধ্যমেও তাপসের নাম আলোচনায় ছিল।
কমিশনের রিপোর্টে আরও বলা হয়েছে, ভারতের সঙ্গে বৈঠকের পর পরিকল্পনার বিভিন্ন ধাপে শেখ পরিবারের কয়েকজন প্রভাবশালী সদস্যের নাম উঠে এসেছে। তাদের মধ্যে শেখ সেলিমকে পরিকল্পনার সঙ্গে যুক্ত হওয়ার বিষয়ে সাক্ষ্যপ্রমাণ পাওয়ার কথা প্রতিবেদনে বলা হয়েছে। তৎকালীন স্বরাষ্ট্র প্রতিমন্ত্রী সোহেল তাজ পরিকল্পনার বিষয়ে অবগত ছিলেন বলেও কমিশনের দাবি।
প্রতিবেদনে অভিযোগ করা হয়, ভারতের সহায়তায় ওয়ান-ইলেভেন পরবর্তী নির্বাচনের মাধ্যমে ২০০৮ সালের ডিসেম্বরে আওয়ামী লীগ ক্ষমতায় আসার পর দু’মাসের মধ্যে সেনাবাহিনীর বেশ কয়েকজন অফিসারকে ধাপে ধাপে বিডিআরে পদায়ন করা হয়। কমিশনের মতে, রৌমারী, বড়াইবাড়ী ও পদুয়া সীমান্তে বিডিআরের সঙ্গে বিএসএফের সংঘর্ষে যে হতাহতের ঘটনা ঘটে, তার প্রতিশোধ ও বাংলাদেশে প্রভাব বিস্তারের লক্ষ্য থেকেই এই পরিকল্পনা নেওয়া হয়।
৩৬০ পৃষ্ঠার প্রতিবেদনে আরও বলা হয়, ব্যারিস্টার তাপসের বাসায় অনুষ্ঠিত বৈঠকগুলোর একটিতে বিডিআর সদস্যরা প্রথমে অফিসারদের জিম্মি করার পরিকল্পনা জানালেও পরে তা পরিবর্তন করে হত্যার সিদ্ধান্ত নেয়। কমিশন বলছে, এসব বৈঠকে আওয়ামী লীগ নেতা শেখ ফজলুল করিম সেলিম উপস্থিত ছিলেন।
অন্তর্বর্তী সরকারের গঠিত জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশনের নেতৃত্বে ছিলেন মেজর জেনারেল (অব.) আ ল ম ফজলুর রহমান। ২০০৯ সালের ওই ঘটনায় ৫৭ জন সেনা কর্মকর্তা ও মোট ৭৪ জন নিহত হন।
